אחת הסיבות האפשריות לתשלום מס ביתר היא אי־עדכון נקודות הזיכוי המגיעות לעולה החדש. כדי לקבל את נקודות הזיכוי יש לעדכן את הפרטים הרלוונטיים אצל המעסיק, לרבות תאריך העלייה, בהתאם למסמכים הנדרשים.
כאשר העלייה והתחלת העבודה בישראל מתרחשות במהלך שנת המס, ייתכן שהניכוי החודשי אינו משקף במדויק את כלל ההכנסות, תקופת העבודה ונקודות הזיכוי השנתיות. לאחר סיום השנה ניתן לבדוק את החישוב לפי הנתונים בפועל.
ההטבות לעולה חדש ניתנות בנוסף להטבות מס אחרות המגיעות לכלל התושבים, כמו נקודות זיכוי בגין ילדים, סיום תואר אקדמי, מגורים ביישוב מזכה ועוד.
במקרים מסוימים עשוי להינכות מס במקור מהכנסה שמקורה מחוץ לישראל. כאשר לעולה חדש או לתושב חוזר ותיק קיימת זכאות לפטור ממס על אותה הכנסה, כדאי לבדוק האם הניכוי בוצע בהתאם למעמד המס ולתנאי הזכאות הרלוונטיים.
